پیاده سازی SAP، پروژه ای پیچیده و چالش برانگیز است و در صورتیکه سازمان ها خود را برای آن آماده نکنند احتمالا با مشکلاتی مواجه خواهند شد. چالش های پیاده سازی SAP شامل مقاومت کارکنان در برابر تغییر، عدم تعریف دقیق اهداف، کمبود منابع، پیچیدگی نرم افزار، تغییرات مداوم در کسب وکار و ... می شود.